Бухарский государственный медицинский институт был создан в октябре 1990 года постановлением Кабинета Министров Республики Узбекистан.

Кафедра фармакологии начала свою деятельность с 1991-1992 учебного года.  Основателем и первым заведующим кафедрой фармакологии был  Бафоев Ибрагим Олимович, который был ведущим специалистом своего времени.

В 1992-1994 годах кандидат медицинских наук Каримов Т.А. возглавлял кафедру фармакологии. В 1994-1999 гг. Кафедра была расширена и объединена  с «Клинической фармакологией» и была переименована на кафедру «Фармакологии и клинической фармакологии». Сотрудники кафедры проводили практические, клинические и теоретические занятия по предметам «Фармакология» и «Клиническая фармакология» для студентов 3, 5 курса лечебного  и стоматологического факультетов.

В 1995 г. заведующим кафедрой «Фармакологии и клинической фармакологии» был назначен доктор медицинских наук, профессор Тура Махмудович Махмудов. За время своей работы в 1995–1999 годы профессор Т. М. Махмудов заслужил  уважение среди сотрудников института за плодотворную работу и самоотверженность. Профессор Т. М.Махмдов он основал свою школу и подготовил ряд учеников.

к.м.н., доцент Мусаева Дилфуза Махмудовна с 2000 по 2012 годы возглавляла кафедрой «Фармакологии и клинической фармакологии».

В 2013-2014 учебном году заведующим кафедрой был  назначен кандидат фармацевтических наук, доцент О.М. Эрназаров. В 2015-2016 учебном году кафедра «Фармакологии и клинической фармакологии» была объединена с кафедрой «Нормальной и патологической физиологии»  и  была переименована на кафедру «Фармакологии, нормальной и патологической физиологии».

С 2016-2017 учебного года заведующим кафедрой была назначена кандидат медицинских наук, доцент Мусаева Дилфуза Махмудовна..

В 2017-2018 учебном году кафедра была разделена с кафедрой «Нормальной и патологической физиологии» и объединена с кафедрой «Микробиологии, вирусологии, иммунологии» и переименована на кафедру «Микробиологии и фармакологии».

С 2018-2019 учебного года кафедра опять была объеденена с «Клинической фармакологией» и переименована на кафедру «Фармакология и клиническая фармакология», которую возглавляет кандидат медицинских наук, доцент Д.М. Мусаева.

С 2021-2022 учебного года заведующим кафедрой была назначена кандидат медицинских наук, доцент Юлдашева Дилнавоз Хасановна

С 2023 учебного года кафедра была разделена с кафедрой «Фармакология» и переименована на кафедру «Клиническая фармакология», », которую возглавляет PhD, доцент В.З.Жалалова.

За время своей деятельности сотрудниками кафедры были опубликованы более 500 научных статей и тезисов, около 100 учебно-методических пособий, более 10 учебников и учебных пособий, а также созданы электронные учебники. Студентам также было предоставлено более 300 мультимедий, видеоуроков и аудиоуроков.

Кафедра сотрудничает в учебно-методической и научно-исследовательской сфере с кафедрами фармакологии и клинической фармакологии престижных университетов Турции, России, Китая, Республики Корея, а также Казахстана, Таджикистана и Туркменистана. Проводятся тренинги, стажировки, вебинары, международные конференции с зарубежными партнерами.

Доцент  кафедры  Рахматова М.Р.  приняла  участие в повышении квалификации в Китайской Народной Республике и участвовали в открытии фармацевтического завода нашими партнерами в Ташкенте.