Прием медицинских специалистов в магистратуру в Бухарском государственном медицинском институте был основан в 2013-14 учебном году Постановлением Министерства высшего и среднего специального образования № 263 от 18 июля 2013 года.  На основание этого приказа был организован отдел магистратуры, координирующий деятельность магистров, обучающихся в институте. В 2013-2014 учебном году были приняты в магистратуру 18 студентов  по 4  специальностям:

1. Акушерство и гинекология
2. Общая хирургия
3. Терапия (внутренние болезни)
4. Морфология

               Заведующим отдела назначен доцент кафедры факультетской и госпитальной хирургии Мирходжаев Ислом Асрарович.

        В 2015-2016 учебном году на основании Указа Президента Республики Узбекистан №PQ-2359 от 23 июня 2015 года открыта новая специальность магистратуры- спортивная медицина.  С 2015 по 2017 год заведующим магистерским отделением был заведующий кафедрой гистологии и медицинской биологии, доцент Давронов Рахмон Давронович.

       Первыми ласточками магистрами были трое выпускников по направлению морфологии в 2015 году. В 2016 году были выпущены ещё 18 магистров.  в 2017 году число выпускников -магистров было – 26, из них 20 продолжают работу в институте. В 2016-2017 года отделом магистратуры возглавлял к.м.н., доцент кафедры дерматовенерологии Рахматов Олим Бобомуродович.

       В 2016-2017 учебном году на основании Указа Президента Республики Узбекистан №ПП-2534 от 26 мая 2016 года в Бухарском государственном медицинском институте открыты новые специальности магистратуры- Эндокринология, Офтальмология, Оториноларингология и Кардиология.  В 2017 году все направления магистратуры и клинической ординатуры прошли Государственную Аттестацию и Аккредитацию при Кабинете Министров Республики Узбекистан. С 2017-2018 учебного года на основании Указа Президента Республики Узбекистан №PQ-2955 от 5 мая 2017 года учреждены новые специальности магистратуры -Дерматовенерология и Стоматология. В 2018-2019 года отделом магистратуры возглавлял д.м.н., доцент кафедры Хирургических болезней и реанимации Ураков Шухрат Тухтаевич.

Студенты магистратуры постоянно усовершенствовают свои знания в Национальных и зарубежных программах обучения. Магистры института Боймуродов Равшан и Зухуров Сухроб прошли стажировку за границей по международной грантовой программе «TEMPUS».

Магистранты Кадыров Бехрузбек, Бадриддинова Барно( в 2017 году), Ризаева Мехрибан, Бадриддинова Барнохон, Кудратова Дилноза, Джалолова Нигина, Кадыров Бехрузбек (в 2018 году) заняли призовые места и получили дипломы на международной практической конференции, организованной Самаркандским государственным медицинским институтом. В феврале 2018 года магистранты по направления акушерства и гинекологии Тошева Ирода и Орипова Феруза прошли квалификационную стажировку по акушерству и гинекологии в Первом МГМУ им. Сеченова в г.Москве ( Российская Федерация). Орипова Феруза, магистрант по направлению акушерства и гинекологии приняла участие в Четвертой Российской научно-практической конференции «Снегерёвские чтения» (Москва,2018 год)  и была награждена Сертификатом. А в октябре 2018 года ей присвоен значёк «Знак Узбекистана» Союза молодежи Узбекистан.

В 2018-2019 учебном году магистратуру окончили 20 выпускников по 11 специальностям, из них 9 обучались на грантовой основе, 11 на контрактной основе.  В 2019-2020 учебном году на 1 курс были приняты 59 студентов по 22 направлениям. 17 из них приняты на основе государственных грантов, 42 – на контрактной основе.

       С 10 января 2020 года до настоящего времени отделом заведует к.м.н., доцент кафедры акушерства и гинекологии Ашурова Нигора Гафуровна.

 В 2020-2021 учебный год направления магистратуры расширились. В этот учебный год были приняты 97 магистрантов по 23 направлениям. Также начала функционировать Совместно- образовательная программа  (Польша, Университет Луис,1+1) по направлению: “Менеджмент. Менеджмент в здравоохранении”. В настоящее время по этому направлению обучаются 18 резидентов.

       В 2021 году магистрант по направлению Урологии Исмоилов Ибоджон был удостоен значком Министерство Инновационного развития “Передовик инновационных идей”. Многие магистранты прошли курсы стажировки по академической мобильности в передовых Медицинских центрах и Университетах Республики и Зарубежья.

В 2021-2022 учебном году на 1 курс по 27 направлениям принято 96 студентов. Из них 24 были приняты на грантной основе и 72 на контрактной-договорной основе.

В настоящее время в магистратуре  обучаются 255 студентов. Они активно ведут научно-исследовательскую деятельность на базах института, усовершенствуют свои знания как по профессиональным наукам, так и по знанию иностранных языков. Основная часть выпускников магистратуры продолжают научную деятельность, будучи ассистентами и докторантами кафедр.